Vücutta bulunan bazı mantar türleri ile otizm arasındaki olası bağıntı, tıp dünyasında bir tartışma konusudur. Bazı doktorlar aşırı miktardaki mantarı veya ilişkili organizmaları azaltmak suretiyle otizmli çocuklara yardımcı olduklarını iddia etmektedirler. Ancak, mantar tedavilerinin otizmli bireyler üzerindeki etkilerini gösteren birkaç çalışma, vaka çalışmasından öteye gitmemektedir.
Candida, mayaya benzeyen ve normal olarak vücutta bir miktar bulunan bir mantardır. Uzun süren antibiyotik, hormon ya da bazı ilaç tedavilerinin candida ve benzeri mantarların vücutta çoğalmasına ve buna bağlı enfeksiyonlara neden olabileceği öne sürülmektedir. Her tür aşırı mantar çoğalması vücudun çeşitli işlevlerinde sorunlara yol açabilmektedir. Ancak, her insanın vücudunda bu mantarlardan belli miktarlarda bulunması nedeniyle, sorun yaratacak düzeyde mantar fazlalığını tıbbi tetkiklerle ortaya çıkarmak zordur. Mantarın aşırı üremesinin tedavisinde kullanılan ilaçların ise çok ciddi yan etkileri söz konusudur. Sarmısak özütü ve üzüm çekirdeği özütü gibi bazı doğal kaynaklı ürünlerin kullanımının da mantar tedavisini desteklediği düşünülmektedir. Mantar vücutta şeker, maya ve karbonhidrat ile beslenip ürediği için, ilaçların yanı sıra içinde şeker, karbonhidrat ve mayanın bulunmadığı bir beslenme şekli de önerilmektedir. Sonuç olarak, otizmde ilaçlarla ya da doğal ürünlerle mantar tedavisi uygulamalarının henüz bilimsel dayanağı yoktur.
