Otizmli çocukların bağırsaklarının aşırı geçirgen olduğu varsayımından ve beslenmede çok seçici olmalarından dolayı, vücutlarında pek çok vitamin ve mineral eksikliği olabileceği düşünülmektedir. Bu vitamin ve mineraller arasında en önemlileri B6 vitamini ve magnezyum mineralidir. B6 vitamini eksikliğinin çocuklarda merkezi sinir sisteminin işleyişini etkilediği belirlenmiştir. Magnezyum ise kemik oluşumunu destekleyen, sinir ve kas hücrelerinin bakımını sağlayan ve vücuttaki enzimlerin çalışmasını artıran bir mineraldir.
B6 vitamini ve magnezyum desteğinin otizmli çocukların davranışları üzerindeki etkilerine ilişkin araştırmaların sonuçları birbiriyle çelişmektedir. Deneysel kontrolün düşük olduğu araştırmalarda olumlu etkiler rapor edilirken, deneysel kontrolün yüksek olduğu araştırmalar herhangi bir etkinin olmadığını göstermiştir. Dolayısıyla, geniş katılımlı ve kontrollü deneysel araştırmalara gereksinim vardır.
